Στην 3η φάση του Κυπέλλου προκρίθηκαν οι Άγιος Νικόλαος, ΦΣ Κοζάνη, Εθνικός Σοχού, ΠΟ Φήκης, Άρης Σούδας, Προοδευτική, Παναχαϊκή, Εδεσσαϊκός, Ποσειδώνας Μηχανιώνας, Εθνικός, Γιούχτας, Νέα Αρτάκη.
Κυριακή 12/9 –
ΠΑΡΑΤΑΣΗ: Ατσαλένιος-Ηλιούπολη 3-3
ΠΑΡΑΤΑΣΗ: Αλεξανδρούπολη FC-ΠΑΣ Αχέρων Καναλακίου 1-1
ΠΑΡΑΤΑΣΗ: ΑΟ Διαβολιτσίου-ΠΑΟ Ρουφ 1-2 (1-1 κ.δ.)
Γιούχτας-Αήττητος Σπάτων 4-2 πεν. (1-1 κ.δ., 1-1 παρ.)
Άγιος Νικόλαος-Πανελευσινιακός 3-2
ΦΣ Κοζάνη-Πανδραμαϊκός 2-0
Εδεσσαϊκός-Άρης Αβάτου 3-0
Αναγέννηση Πλαγιάς-Ποσειδώνας Μηχανιώνας 0-2
Εθνικός Σοχού-Αγροτικός Αστέρας 3-0
ΠΟ Φήκης-Αμβρυσσέας Διστόμου 1-0
Εθνικός-Κερατσίνι 3-0
Αίας Σαλαμίνας-Παναχαϊκή 0-2
Αταλάντη-Νέα Αρτάκη 0-1
Προοδευτική-Άρης Σκάλας 2-1
Άρης Σούδας-Χαραυγιακός 2-1
