O ιστορικός Ιωνικός θα είναι ο αντίπαλος της Παναχαϊκή στην 4η φάση του Κυπέλλου Ελλάδας.
Δύο ομάδες που την περασμένη 20ετία αγωνίστηκαν στην Α΄ Εθνική πλέον αγωνίζονται στις πιο μικρές εθνικές κατηγορίες, ευελπιστώντας να ξαναφτάσουν στην ελίτ του Ελληνικού ποδοσφαίρου.
Στον Ιωνικό αγωνίζεται ο Πατρινός, Γιάννης Γκοτσούλιας που έχει περάσει από την ομάδα Νέων της Παναχαϊκής στο παρελθόν και ήταν ο πρωταγωνιστής στα περσινά μπαράζ ανόδου. Επίσης στην ομάδα της Νίκαιας θα αγωνίζεται από φέτος ο Σπύρος Φουρλάνος που μέχρι πρότινος αγωνιζόταν στην ομάδα της Πάτρας.
Φυσικά δεν είναι λίγοι οι ποδοσφαιριστές που έχουν κοινό πέρασμα από τις δύο ομάδες. Ο Κώστας Κωνσταντινίδης, ο Όλιβερ Μακόρ, οι Ηλίας Κυριακίδης-Σωκράτης Οφρυδόπουλος σε τεχνικό επίπεδο. Στην ομάδα της Νίκαιας φέτος θα αγωνίζεται ακόμα ένας Πατρινός. Ο λόγος για τον Αλέξανδρο Σμυρλή που έκανε τα πρώτα του βήματα στην ακαδημία του Παμπατραϊκού.
Στην Α΄ Εθνική πλέον ο Ιωνικός μετείχε για περισσότερο από μια δεκαετία. Την περίοδο 1994-95 τερμάτισε στην 15η θέση, κοντά στην ζώνη του υποβιβασμού και με το τέλος της περιόδου μπαίνουν οι βάσεις για την αξιοπρεπή καθιέρωση του στην κορυφαία κατηγορία. Τις επόμενες δύο περιόδους (1995-96 και 1996-97) τερμάτισε στην 8η θέση αντίστοιχα και την περίοδο 1997-98 στην 5η θέση.
Κέρδισε ευρωπαϊκό εισιτήριο
Το 1998 ανέλαβε την ομάδα ένας τότε άγνωστος στην Ελλάδα προπονητής, ο Σέρχιο Μαρκαριάν και υπό τις οδηγίες του την περίοδο 1998-1999 ο σύλλογος εξασφάλισε την συμμετοχή του στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις, για πρώτη φορά στην ιστορία του. Πιο συγκεκριμένα ο Ιωνικός επικράτησε εντός έδρας της Προοδευτικής με 2-0 την Κυριακή 23 Μαΐου 1999 στην προτελευταία αγωνιστική του πρωταθλήματος και εξασφάλισε την 5η προνομιούχο θέση της Α΄ Εθνικής, η οποία αυτή τη φορά έδινε το δικαίωμα συμμετοχής στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ και έτσι ο σύλλογος κέρδισε την ιστορική του έξοδο στην Ευρώπη.
Έχει παίξει σε τελικό Κυπέλλου Ελλάδας
Την επόμενη περίοδο, 1999-00, τερμάτισε στην 10η θέση. Παράλληλα την ίδια περίοδο, ο Ιωνικός έχοντας αποκλείσει τους Ηρακλή Θεσσαλονίκης, Ναυπακτιακό Αστέρα και Καλαμάτα αντίστοιχα, έφτασε για πρώτη φορά στην ιστορία του στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας, όπου διεξήχθη στις 10 Μαΐου 2000 στο ΟΑΚΑ και ηττήθηκε από την ΑΕΚ με 3-0, ενώπιον 5.000 οπαδών του που τον ακολούθησαν.
Την επόμενη περίοδο, 2000-01, τερμάτισε στην 6η θέση και από τα επόμενα χρόνια η ομάδα αποδυναμώθηκε, τερματίζοντας στις χαμηλές θέσεις της κορυφαίας κατηγορίας.
Την περίοδο 2002-03 τερμάτισε στην 14η θέση, η οποία τον οδήγησε σε αγώνα μπαράζ, ώστε να διεκδικήσει την παραμονή του. Στον αγώνα μπαράζ αντιμετώπισε τον Απόλλων Καλαμαριάς στο Ε.Α.Κ. Βόλου στις 1 Ιουνίου του 2003 και επικρατώντας με 2-1 κατάφερε να παραμείνει στην Α΄ Εθνική.
Άνοδος στην Football League
Πέρυσι ο Ιωνικός τερμάτισε στη 2η θέση του 5ου Ομίλου και ως δευτεραθλητής προκρίθηκε στο μπαράζ ανόδου. Στο μπαράζ ανόδου συνάντησε τον Αιολικό Μυτιλήνης, όπου στον πρώτο αγώνα απέσπασε την ισοπαλία με 2-2 στην Μυτιλήνη και στον επαναληπτικό αγώνα εντός έδρας στο κατάμεστο γήπεδο της Νεάπολης στη Νίκαια επικράτησε με 2-0 και κατέκτησε την ιστορική επάνοδο στα επαγγελματικά πρωταθλήματα και συγκεκριμένα στο πρωτάθλημα της Football League.